河南省水土环境污染协同防治重点实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制,设置学术委员会,实行主任负责制。
实验室主任全权负责实验室的日常学术活动与行政管理工作,承担实验室日常科研管理工作,组织实施实验室建设方案;组织实施年度工作计划和研究方案;拟订内部管理机构设置方案;拟订实验室的基本管理制度;制定具体的规章制度;提请聘任或解除相关的负责管理人,负责决策有关工作人员聘任、奖惩;协调工程实验室与合作单位的关系。遇重大事务充分发扬民主,召开实验室学术委员会主任、主要学术带头人和各研究室主任的联席会议,充分讨论后,由实验室主任决定并负责实施。实验室另设副主任1名和主任助理1名协助主任管理实验室的日常事务。
学术委员会是实验室的学术决策机构和评审机构。其主要职责是确定实验室的发展目标、学术研究方向和研究任务,制定研究基金指南,审定基金研究课题并决定资助经费额度,组织相关答辩及成果评价,审议实验室的年度研究工作报告和其他重大学术活动,审查和建议与实验室有关的重要学术活动,对实验室主任及实验室工作进行评估,向上级领导反映并提出改进实验室工作的建议。学术委员会对实验室的发展起参谋和决策作用,实验室设学术委员会主任1人,副主任委员1人,并设秘书1人协助主任委员处理日常事务。